A principios de septiembre, el fiscal general de El Salvador anunció el inicio de una investigación a la notoria masacre de 1981 en El Mozote, constituyendo este el primer reto a la polémica Ley de Amnistía del país. Aprobada en 1993 inmediatamente después de los Acuerdos de Paz que le pusieron fin a la brutal guerra civil de 12 años, la Ley de Amnistía proscribió el enjuiciamiento de la plétora de violaciones a los derechos humanos cometidos durante este conflicto sangriento. En otra victoria contra la impunidad, un tribunal estadounidense condenó al coronel salvadoreño Inocente Montano por un fraude migratorio, y ahora enfrenta penas de cárcel, deportación, y posiblemente una extradición a España por haber ordenado la infame masacre de los jesuitas en 1989. La decisión del ministro de justicia de investigar la masacre de El Mozote, que dejó mas que 1000 hombres, mujeres, y niños muertos a las manos de soldados entrenados por la escuela militar de los EE. UU. La Escuela de las Américas, viene como resulto de una decisión de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos en diciembre del 2012, condenando al estado salvadoreño por la masacre y ordenando al gobierno a enjuiciar este y otros crímenes de guerra. La decisión también estipuló que la Ley de Amnistía no debe de considerarse un obstáculo al procesamiento de los delitos. En concordancia, en abril la Corte Suprema de El Salvador mandó a cada juez de la nación que tomara en cuenta la decisión de la CIDH cuando estuvieran considerando la aplicación de la Ley de Amnistía en sus casos. Actualmente, la Fiscalía General de la República, por órdenes de la CIDH, se está preparando para exhumar los restos de las victimas de El Mozote. Un debate al final infructuoso de revocar la Ley de Amnistía en la primera mitad de la década del 2000 fue lo que impulsó al ex-Coronel Inocente Montano, Viceministro de Seguridad Pública entre 1989-1994 bajo el gobierno de Alfredo Cristiani de la Alianza Republicana Nacionalista (ARENA), a huir de El Salvador hacia los Estados Unidos. El martes 27 de agosto, Montano fue condenado en una corte del estado de Massachusetts a 21 meses en prisión por el delito de falsificación en los formularios de inmigración. Montano se enfrenta a la deportación a El Salvador y posiblemente a la extradición a España, donde está acusado de crímenes contra la humanidad y terrorismo de estado por su rol en ordenar el asesinato de seis padres jesuitas, una empleada doméstica y su hija en 1989 en la Universidad Centroamericana. La evidencia clave para enjuiciar a Montano vino directamente del reporte de la Comisión de la Verdad de las Naciones Unidas, quien lo nombró como autor de los asesinatos de los jesuitas y otras atrocidades. El veredicto se emitió a pesar de los esfuerzos de Cristiani, quien escribió una carta elogiando a Montano por ser una persona capaz, un buen soldado, y por haber actuado de forma responsable y profesional. El Procurador para la Defensa de los Derechos Humanos de El Salvador, David Morales, calificó a la convicción como “un claro mensaje al sistema de justicia salvadoreño que por muchos años se ha negado a permitir el acceso de la justicia a las víctimas, y a la investigación de este tipo de casos".

Aunque se han dado pasos importantes en el enjuiciamiento de los ex dictadores y regímenes militares en América Latina - en particular en Chile y Argentina - por las atrocidades del pasado, los partidos políticos derechistas en El Salvador han luchado vigorosamente y exitosamente para mantener la Ley de Amnistía hasta la fecha. La Comisión de la Verdad en 1993 atribuyó al menos 85% de las atrocidades cometidas durante la guerra a los miembros de la dictadura militar derechista y a los escuadrones de la muerte, atribuyendo solamente 5% a las fuerzas guerrilleras izquierdista del Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional (FMLN) y el restante 10% a actores desconocidos. Esta nueva demonstración de voluntad política a traer justicia a las victimas de la violencia estatal masiva durante la guerra civil no tiene precedentes en El Salvador, y representa un paso importante que camina en dirección a una resolución justa al conflicto sangriento; una oportunidad creada por el desbanco democrático del partido ARENA como partido gubernamental en el 2009.