El 26 de junio, el Fiscal General de El Salvador, Raúl Melara, anunció la apertura de investigaciones hacía altos funcionarios de la administración de Bukele luego de que surgiera información de los medios de comunicación sobre un posible mal uso de fondos públicos durante la respuesta de emergencia ante el COVID-19. A pesar de la reiterada insistencia de los legisladores, la administración de Bukele se ha negado a cumplir con los requisitos de transparencia establecidos por la Asamblea Legislativa destinados a evitar la malversación de fondos públicos. La prolongada crisis a la que Bukele está contribuyendo, al negarse a trabajar con la Asamblea Legislativa, también deja la puerta abierta a la corrupción.

Después de que la Asamblea Legislativa aprobara un Estado de Emergencia Nacional el 14 de marzo,  se activó la disposición de 'Estado de Emergencia' de la Ley de Adquisiciones y Contrataciones de la Administración Pública (LACAP), que es el marco legal vigente en El Salvador para regular las compras gubernamentales. La disposición del estado de emergencia permite al gobierno "realizar compras directas" sin pasar por el proceso estándar de licitación abierta. Para garantizar la transparencia y la rendición de cuentas del gobierno con respecto a las compras realizadas durante la pandemia, los legisladores exigieron al Ejecutivo que proporcionara informes financieros detallados de las compras a la Asamblea Legislativa dentro de un período de 30 días. Sin embargo, la administración de Bukele, con excepción de algunos ministerios como el Ministerio de Salud y el Ministerio de Obras Públicas, se negó a cumplir con el requisito, argumentando que la Asamblea Legislativa no puede fiscalizar la administración ya que esa responsabilidad "pertenece al Corte de Cuentas" (similar a la Oficina de Contabilidad del Gobierno de EE. UU.). Sin embargo, la Corte de Cuentas, en testimonios dados a los legisladores, compartió que sus trabajos de auditoría han sido bloqueados por la administración, que se ha negado a entregar informes de gastos.

En medio de fallos de la Corte Suprema de Justicia que cuestionaron la constitucionalidad de la respuesta de la administración a la pandemia, como las detenciones policiales y militares de quienes se considera que incumplieron la orden de quedarse en casa, las preocupaciones sobre las violaciones de derechos humanos del Defensor Procurador de Derechos Humanos, y la falta de voluntad de la administración en general para cumplir con los requisitos básicos de la auditoría, la Asamblea Legislativa decidió no renovar el estado de emergencia y en su lugar votó para aprobar una nueva ley para regular la respuesta a la pandemia y establecer una 'Ley Especial Transitoria para la Atención Integral de la Salud y la Reanudación de Labores en el Marco de la Pandemia COVID-19', de acuerdo con los protocolos sanitarios internacionales

El 16 de mayo, el día en que expiraba el estado de emergencia, Bukele emitió una orden ejecutiva (Decreto Ejecutivo 18) para extender la emergencia. Sin embargo, el 18 de mayo, la Corte Suprema declaró "inconstitucional" el decreto, argumentando que el Presidente sólo puede declarar el estado de emergencia de manera unilateral si la Asamblea Legislativa, por circunstancias extremas, no puede reunirse. En respuesta al fallo del 18 de mayo, Bukele se comprometió a acatar la resolución, pero afirmó que la consideraba "totalmente violatoria de la misma Constitución, de las leyes de la República, del Estado de Derecho y la consideramos una intromisión del órgano judicial." Un día después, el 19 de mayo, el Presidente decretó nuevamente el estado de emergencia (Decreto Ejecutivo 19).

El vaivén entre Legisladores y el Presidente ha sido exhaustivo y ha estancado una respuesta integral a la emergencia sanitaria. Según Saúl Baños, director ejecutivo de la Fundación de Estudios para la Aplicación del Derecho (FESPAD), una organización de la sociedad civil, la declaración de "estado de emergencia" del Presidente permite al ejecutivo la "disposición libre y sin cumplimiento de los requisitos ordinarios que debe de cumplir para la contratación de bienes y servicios". Sin tener que pasar por el procedimiento establecido por LACAP, Baños advierte que se pueden comprar insumos a precios sobrevaluados sin ninguna transparencia sobre quién obtiene los contratos. Agregó que el acceso público a la información es inexistente en este momento. “La Oficina de Información y Respuesta, donde los ciudadanos pueden hacer una solicitud para saber qué se está comprando, a qué precio y a quién se compra, tampoco están abiertas”, informa.

Algunos casos de posible corrupción gubernamental ya han comenzado a aparecer. Según el Fiscal General de El Salvador, Raúl Melara, varios funcionarios de la administración de Bukele están ahora bajo investigación por vender productos a precios inflados al Ministerio de Salud durante la emergencia, así como otros casos de conflicto de intereses. En un caso particular, el Ministerio de Salud de El Salvador compró máscaras a un costo inflado de $250,000 del presidente del Fondo Ambiental de El Salvador (FONAES), Koky Aguilar, designado por Bukele. En un informe financiero entregado a los legisladores por el Ministerio de Salud el 30 de abril, INSEMA, la empresa de Aguilar, fue mencionada como proveedor contratado durante la pandemia. Luego de que investigaciones periodísticas revelaron que INSEMA pertenecía a Aguilar, Bukele anunció que Aguilar sería removido de su cargo por haber potencialmente violado la Ley de Ética Gubernamental. Además, el legislador de ARENA Gustavo Escalante y el viceministro de Ingresos del Departamento de Hacienda, José Alejandro Zelaya Villalobo, también están bajo investigación por vender mascarillas a precios inflados al Ministerio de Salud.

El 22 de mayo, la Corte Suprema derogó el segundo decreto de estado de emergencia del Presidente (Decreto Ejecutivo 19). En el fallo del 22 de mayo, la Corte Suprema ordenó al Ejecutivo y a la Asamblea aprobar una nueva ley que regularía la respuesta del gobierno a la pandemia sin violar los derechos humanos. Después de negociaciones con funcionarios de la administración de Bukele, la Asamblea aprobó dos leyes de emergencia (la primera fue aprobada el 30 de mayo y la segunda el 12 de junio). A pesar que las leyes fueron negociadas por sus representantes y en las cuales se otorgó la posibilidad de seguir realizando compras directas, al final el presidente Bukele vetó los proyectos de ley, argumentando que no fueron redactados en consenso con el Ministerio de Salud y que no le dieron la discreción adecuada a la administración sobre cuándo y cómo reabrir la economía. La Corte Suprema debe ahora determinar la constitucionalidad de las leyes. En el ínterin, la respuesta del gobierno a la pandemia y la reapertura gradual de la economía está regulada por el Decreto de Salud 31. El Decreto 31 ha sido declarado inconstitucional por expertos legales debido a seguir restringiendo los derechos fundamentales.

Dado que, por el momento, no existe un estado de emergencia, la Corte de Cuentas emitió un comunicado público recordando al gobierno que ya no puede realizar compras directas y en cambio debe cumplir con el proceso establecido en la Ley de Adquisiciones y Contrataciones de la Administración Pública (LACAP), que requiere que la administración sea transparente e imparcial al momento de contratar bienes y servicios para responder a la pandemia.